要將兩個3*3的數值型二維數組 `x` 和 `y` 合并到一個新的二維數組中，我們需要選擇一個合適的連接方式（即指定正確的 `axis` 參數）。

首先，理解 `np.concatenate` 的 `axis` 參數：
- `axis=0`：沿著第一個軸（行）進行連接，這意味著將數組在垂直方向上堆疊。
- `axis=1`：沿著第二個軸（列）進行連接，這意味著將數組在水平方向上并排。
- `axis=2` 和 `axis=3`：這些軸超出了二維數組的范圍，因為3*3的數組只有兩個軸。

給定 `x` 和 `y` 都是3*3的二維數組：
- 使用 `axis=0` 會將 `x` 和 `y` 在垂直方向上堆疊，結果是一個6*3的數組。
- 使用 `axis=1` 會將 `x` 和 `y` 在水平方向上并排，結果是一個3*6的數組。

因此，正確的答案是：
C: `np.concatenate([x, y], axis=0)`

這種方式將 `x` 和 `y` 的所有行合并到一個新的二維數組中，而 `axis=1` 也可以視作一種合并方式，但題目要求是將所有一維數組合并到一個新的二維數組中，通常理解為垂直堆疊。